1967 Yılında eski okul binasında kurulan Milet Müzesi, binadaki problemler nedeniyle 2000 yılında kapatıldı. Geçen on bir yıl boyunca kapalı olan müze, aşama aşama hazırlanarak yeni halini aldı ve 27 Mayıs 2011 yılında açıldı. bugün müzede Miletos, Priene ve Didyma antik kentlerine ait pek çok eser sergileniyor. Miletos kentinin tüm dönemlerini rahataça takip edebileceği müze sergileme açısından yeni tekniklerin kullanıldığı, ziyaretçilerin bilgilendirme panolarını okuyarak rahatça gezebileceği bir yapıda. Bu müze, bölgedeki Arkaik kentlere ait beş yüz altmış adet büyük ve küçük buluntuya ev sahipliği yapıyor. Özellikle heykel eserleri bakımından oldukça güzel örnekler bulunduran müze, Miletos kazı alanında bulunduğu için ulaşım açısından oldukça rahat bir konumda.
Müzede ;
- Aslan Galerisi
- Taş Eserler Salonu
- Büyük Salon / Mavi Salon
- Küçük Salon
- Müze Bahçesi
- Filozoflar Parkı